Graven
Over de hele vloer bevinden zich ongeveer 90 grafzerken van priesters en begijnen, begraven tussen 1396 en 1753. Het was een voorrecht van de rijken om hier begraven te worden. In de rechter zijbeuk vindt men de vier grafzerken van de gezusters Steuckers en hun nicht Maria van Rivieren. In de linker zijbeuk bevinden zich links en rechts van de biechtstoel twee grafzerken met een uitzonderlijke kunsthistorische waarden. Ze horen toe aan Katherine van Voirsselaer + 1458 en aan Katherine van Nethenen + 1459, allebei begijnen in Leuven. De randschriften zijn geschreven in gotische letters. Oorspronkelijk bevonden de grafzerken zich in de vloer van de kerk. Midden voor het altaar bevindt zich een graftombe van ‘Damoiselle Thérèse Philippine Van Spoelberch, issue des familles de Spoelberch et de Dielbeeck.’ De familie de Spoelberch is één van de rijkste families van België. Ze zijn actief in de brouwerijsector, onder meer via de groep AB Inbev, de brouwerij van Stella.
Muurschilderingen
Tijdens de restauratie werden onder de verschillende pleister -en witsellagen schilderingen van de 14de tot de 17de eeuw gevonden. Uit onderzoek bleek dat het om muurschilderingen (en niet om fresco’s), vermits ze op de droge pleisterlaag werden aangebracht. In de rechter zijbeuk bevindt zich een 14de eeuws fragment met de heilige Veronica en een engel, afkomstig uit het dichtgemetselde zuidportaal. In dezelfde zijbeuk zijn ook nog taferelen uit het leven van heiligen te zien (voornamelijk in geel en oker), een bloemmotief en een doopseltafereel. In de linker zijbeuk bevindt zich een 15de-eeuwse muurschildering met de parabel van de wijze en de dwaze maagden. Stilistisch behoort de schildering tot de ‘Bouts-groep’ met Bourgondische klederdracht en haartooi. Het tafereel is geïnspireerd op de voorstelling van hetzelfde thema in “Speculum Humanae Savatoris” (Spiegel van de Menselijke Behoudenis), een geïllustreerd boek uit dezelfde periode.
Preekstoel
Op de rug van de trap van deze eikenhouten preekstoel staat het jaar waarin hij gemaakt werd (‘anno 1661’). De preekstoel wordt gedragen door vier leeuwenpoten en door engelen. Op de achtzijdige kuip bevinden zich vier cartouches met reliëfs. Ze stellen Sint-Jan-de-Doper, de Heilige Maagd met het Kind, Sint-Jan Evangelist en Sint-Begga voor. Op de hoeken staan de vier Westerse kerkvaders afgebeeld met hun attributen: Sint-Hiëronymus met de leeuw, Sint-Ambrosius met de bijkorf, Sint-Gregorius met tiaar en Sint-Augustinus (zonder attributen). Bovenaan ziet men de duif als symbool van de Heilige Geest, gedragen door engelen. De trap is versierd met blad- en vruchtenmotieven.
Monumentaal orgel
Op het doksaal bevindt zich een monumentaal orgel dat volgens het chronogram op de cartouche gemaakt werd in 1692. Het is het enig overblijvende orgel van Pieter Goltfuss, oudste zoon van Hans Goltfuss, afkomstig uit Duitsland maar verhuisd naar Haacht. Het is een mooi, sterk en goed geproportioneerd eiken meubel waarvan het binnenwerk piramidaal is opgesteld. Het instrument is uitgewerkt als balustradeorgel met het klavier aan de rugzijde. Het is één van de best bewaarde orgels uit de 17de eeuw met een zeer hoge artistieke waarde. Ook voor de muziekgeschiedenis is dit een zeer interessant orgel omwille van de zuivere klank die het pijpenbestand produceert. De klank is een ideale weergave van de 17de- eeuwse orgelcultuur, een belangrijke eeuw voor de Vlaamse orgelkunst.
Hoofdaltaar
Centraal op het portiekaltaar in het koor hangt het schilderij ‘Christus aan het Kruis’ van Pieter Jozef Verhaegen. Aan weerszijden ervan staan beelden van de heilige Begga (met het klooster van Andenne) en de heilige Gertrudis (met staf). Onder de dames staan borstbeelden van Sint-Jan en Sint-Adrianus. Het beeld bovenaan in de centrale nis beeldt God de Vader uit. Op de zijmuren van het koor hangen de schilderijen ‘Opdracht van Jezus in de Tempel’ (rechts) en ‘Het kind Jezus tussen de schriftgeleerden’ (links).
Linker zijaltaar
Dit portiekaltaar (ca. 1654) met vier Korinthische zuilen is toegewijd aan Onze-Lieve-Vrouw van 7 weeën. Bovenaan houdt een engel het doek van Veronica vast. Centraal hangt het schilderij ‘De Kruisafneming’ van Caspar de Crayer. Links- en rechtsonderaan bevat het altaar twee reliekhouders (St-Apollonia en het Heilige Kruis). Boven deze reliekhouders staan twee beelden van Sint-Antonius van Padua (18de eeuw) en Sint-Rochus (17de eeuw). Centraal op het altaarblok staat een beeld van de heilige Begga (19de eeuw). Links in de muur bevindt zich een langwerpige nis. Daar lag uit het beeld van ‘Christus in het graf’ (1500). Momenteel is dit beeld te bezichtigen in het M museum.
Rechter zijaltaar
Dit portiekaltaar is omringd met vier Korinthische zuilen. Het is toegewijd aan Onze-Lieve-Vrouw, Sint-Jozef en aan Sint-Franciscus. Centraal staat het schilderij met als thema ‘De terugkeer van de vlucht naar Egypte’. Links van het doek staat een beeld van Sint-Jan-de-Doper. Het beeld in de rechternis is verdwenen. Op het medaillon helemaal bovenaan zien we hoe een engel aan Maria vertelt dat zij de moeder van Gods zoon zal worden. Centraal op het altaar staat een beeld van Onze-Lieve-Vrouw met kind in een Spaans kleed met een zilveren kroon. Voor het altaar bevindt zich een prachtige communiebank uit bewerkt hout met ranken, korenaren, druiventrossen en twee medaillons met eucharistische symbolen.
Universitaire parochie
De kerk wordt nu gebruikt voor vieringen van de universitaire parochie. Zij verwelkomen bezoekers: Elke samenleving, en zeker de complexe, multi-culturele en – religieuze samenleving waarin wij leven, heeft nood aan denkers, doeners en dromers die het samenleven tot een humaan en bezield verband maken. Het behoort tot de opdracht van UP om mogelijkheden aan te bieden waar studenten, personeel, emeriti en alumni zich hiertoe kunnen inspireren en vormen.
UP wil een centrum zijn waar mensen, in een open geest, met hun vragen rond zingeving intellectueel en existentieel terecht kunnen. UP wil kansen bieden voor gefundeerd gesprek, debat en persoonlijke vorming. Het vormingsaanbod rond spiritualiteit wil aan die opdracht tegemoet komen. UP heeft een uitgebreid aanbod aan vormingsactiviteiten, gaande van lezingen en workshops over weekends en gespreksgroepen.